Το Magna Charta Universitatum, το οποίο δημιουργήθηκε από κοινού από την Ευρωπαϊκή Ενωση Πανεπιστημίων (EUA) και το Πανεπιστήμιο της Μπολόνια, κωδικοποιεί τις αρχές της ακαδημαϊκής ελευθερίας και της θεσμικής αυτονομίας αλλά και αυτοτέλειας που καθορίζουν, μεταξύ άλλων, τις κατευθυντήριες γραμμές για τη χρηστή διακυβέρνηση και αποτελεσματική λειτουργία των πανεπιστημίων. Η επίσημη τελετή έγινε στο Πανεπιστήμιο Pecs στην Ουγγαρία, που αποτελεί το πρώτο πανεπιστήμιο της χώρας, καθώς ιδρύθηκε πριν από 650 χρόνια (1367). Ο Μεσσήνιος πρύτανης Κώστας Γουλιάμος, ο οποίος συμμετείχε στην επίσημη τελετή και υπέγραψε το πρωτόκολλο δήλωσε «Είμαι ιδιαίτερα ευτυχής καθώς συνάντησα τόσους αξιότιμους πρυτάνεις από διακεκριμένα και ιστορικά πανεπιστήμια που θερμά καλωσόρισαν το Πανεπιστήμιό μας, αναγνωρίζοντας το έργο που επιτελείται στο ίδρυμά μας. Με τα πανεπιστήμια να καθίστανται πιο σημαντικά για την κοινωνία, όσο ποτέ άλλοτε στην ιστορία των επιστημών και σε μια εποχή κατά την οποία απαιτείται να είναι και προπύργια της ανεξάρτητης σκέψης, της εκπαίδευσης και της έρευνας, η απόφαση - μετά από αξιολόγηση - να ενταχθεί το Ευρωπαϊκό Πανεπιστήμιο Κύπρου στο Observatory Magna Charta Universitatum, αποτελεί μέγιστη τιμή. Ταυτόχρονα η ένταξή μας, υποδεικνύει και αποδεικνύει την εμπιστοσύνη που τρέφει η διεθνής πανεπιστημιακή κοινότητα όσον αφορά στις αρχές της αυτοτέλειας, της ακαδημαϊκής ελευθερίας, της αριστείας και της αξιοπιστίας του οργανισμού μας». Το Ευρωπαϊκό Πανεπιστήμιο Κύπρου είναι το μοναδικό μη-κρατικό πανεπιστήμιο από την Κύπρο που συμμετέχει στο Observatory Magna Charta Universitatum.
Το Ευρωπαϊκό Πανεπιστήμιο Κύπρου έλαβε επίσης μια από τις πιο σημαντικές διεθνείς διακρίσεις και βραβεύσεις. Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή του απένειμε το "Λογότυπο Αριστείας στην Ερευνα: Ανθρώπινο Δυναμικό" (HR Excellence in Research Logo). Κορυφαία πανεπιστήμια έχουν λάβει αυτή τη διάκριση όπως για παράδειγμα το Πανεπιστήμιο του Κέημπρητζ, το Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης, το Πανεπιστήμιο του Αμστερνταμ, το Πανεπιστήμιο της Κοπεγχάγης, το Πανεπιστήμιο του Οσλο κλπ.
