Το 1813, με αγγλική βοήθεια, ιδρύθηκε στην Αθήνα η «Φιλόμουσος Εταιρεία της Αθήνας». Αυτή ήταν μια φιλολογική λέσχη που είχε ως σκοπό της την καλλιέργεια του ελληνικού πνεύματος, την βοήθεια απόρων σπουδαστών, την έκδοση βιβλίων, την προστασία των αρχαιοτήτων καθώς και τη διασπορά της ιδέας του «Ανωνύμου» της « Ελληνικής Νομαρχίας» ότι για την ελευθερία τους, οι Έλληνες θα έπρεπε να στηριχτούν μόνο στις δικές τους δυνάμεις.
Το 1814 στη Βιέννη, ο Άνθιμος Γαζής και ενώ ήταν ήδη επίτροπος της «Φιλομούσου Εταιρείας της Αθήνας», παρότρυνε τον Καποδίστρια στην ίδρυση της «Φιλομούσου Εταιρείας της Βιέννης», μιας φαινομενικά πολιτιστικής οργάνωσης αλλά ουσιαστικά με πολιτική χροιά. Ο Καποδίστριας γνωρίζοντας τον αγγλόφιλο χαρακτήρα της εταιρείας της Αθήνας, δέχθηκε, με σκοπό η νέα εταιρεία της Βιέννης να ελέγχεται από τη Ρωσία.
Το φθινόπωρο του 1814 ιδρύθηκε στην Οδησσό η «Φιλική Εταιρεία». Μια οργάνωση η οποία αποτέλεσε τη μεγαλύτερη πολιτική ενέργεια του υπόδουλου ελληνισμού και βοήθησε, επιταχύνοντας την κήρυξη της Ελληνικής Επανάστασης. Ακολούθησε τα πρότυπα άλλων, ανάλογων ευρωπαϊκών εταιρειών, όπως των Καρμπονάρων της Ιταλίας, που μετά το τέλος των Ναπολεόντειων πολέμων, αποσκοπούσαν στη ρήξη με τις συντηρητικές αυτοκρατορίες της Ευρώπης και την Ιερή Συμμαχία. Η «Φιλική Εταιρεία» ιδρύθηκε από δύο μέτριας οικονομικής επιφάνειας εμπόρους, τον Πάτμιο Εμμανουήλ Ξάνθο και τον Αρτινό Νικόλαο Σκουφά και έναν διανοούμενο, τον Γιαννιώτη Αθανάσιο Τσακάλωφ, δηλαδή τρεις απλούς Έλληνες της διασποράς, χωρίς περγαμηνές που οδηγούνταν μόνο από το πατριωτικό ένστικτο και τη φιλογένειά τους. Είναι εντυπωσιακή η φλόγα που έκαιγε τις ψυχές τους για την ελευθερία της πατρίδας. Αυτοί οι απλοί, άσημοι Έλληνες εκβίασαν τις εξελίξεις αφού προχώρησαν σε πράξεις. Τη στιγμή της ίδρυσης της εταιρείας το σύνθημα: « Ελευθερια ή θάνατος» ήταν πάνω στο τραπέζι του φοβερού όρκου τους μαζί με τα γυμνά σπαθιά τους. Στο αριστερό χέρι κρατούσαν ένα ποτήρι κρασί. Το δεξί ακουμπούσε την καρδιά τους:
«Ορκιζόμεθα ως τίμιοι άνθρωποι: ως άνθρωποι, οι οποίοι δεν κινούμεθα από κανέν άλλο αίσθημα ή μη από το προς την ελευθερίαν της ταλαιπώρου πατρίδας μας, ίνα συντρέξωμεν με τον νουν, με την καρδίαν και με το σώμα μας εις την ελευθερίαν της, μη πτούμενοι μήτε πυρ, μήτε σίδηρον, μήτ’ οποιανδήποτε βάσανον, ως από μέρους ουτινοσδήποτε, όστις ήθελε τολμήσει να μας αποκόψει από την ιερότητα του σκοπού μας. Οι κόποι και οι αγώνες θέλουν λογίζεσθαι ως μηδέν ως προς την απόφασίν μας. Ό,τι δε ήθελεν είναι μυστικόν μεταξύ ημών, τούτο επ’ ουδεμιά περιστάσει δεν μπορεί να κοινοποιηθεί εις άλλον, αν εκ συμφώνου δεν εγκριθεί η κοινοποίησίς του.
Ορκιζόμεθα δε προ πάντων ότι μεταξύ ημών και των τυράννων της πατρίδος μας, το πυρ και ο σίδηρος είναι τα μόνα μέσα της διαλλαγής και τίποτε άλλο. Εκ του εναντίου δε και ήθελεν αναιρέσωμεν την ιερότητα των χρεών μας, κινούμενοι από αισχροκέρδειάν τινα ή δειλίαν ή άλλην οποιανδήποτε αιτίαν, το όνομά μας να παραδίδεται εις το αιώνιον και εις την κατάραν των ομογενών μας· το αίμα μας να χυθεί ως χύνεται αυτήν ταύτην την στιγμήν ο οίνος ούτος· το δε σώμα μας μη αξιούμενον ταφής να γίνει βορά των θηρίων και των ορνέων. Αμήν»
Το κρασί χύθηκε πάνω στα σπαθιά τους.
Όπως αναφέρει ο Ξάνθος στα απομνημονεύματά του η «Φιλική Εταιρεία» έγινε: «… δια την ανέγερσιν και απελευθέρωσιν του Ελληνικού Έθνους και της Πατρίδoς μας». Και συνεχίζει: « … δια να ενεργήσωσι μόνοι των ό,τι ματαίως από πολλού χρόνου ήλπιζον από την φιλανθρωπίαν των χριστιανών βασιλέων». Η οργάνωση είχε πυραμιδοειδή δομή και απαιτούσε συνωμοτική μυστική δράση. Πρότυπο για τη λειτουργία της αποτέλεσαν οι τεκτονικές στοές. Εμπειρία από μυστική εταιρική δράση είχε ο σχετικά πιο εύπορος Τσακάλωφ από τη συμμετοχή του στο «Ελληνόγλωσσον Ξενοδοχείον» (Hôtel Hellénophone) στο Παρίσι, την πρώτη επώνυμη μυστική οργάνωση των Ελλήνων των παροικιών καθώς και ο Ξάνθος που είχε μυηθεί στην τεκτονική στοά της Λευκάδας, την «εταιρεία των ελευθέρων κτιστών» της Αγίας Μαύρας. Ο Σκουφάς είχε γνώση της λειτουργίας των μυστικών οργανώσεων από τις επαφές του με τον Κωνσταντίνο Ράδο που είχε μυηθεί στον Καρμποναρισμό. Η τριμελής διοίκηση της Εταιρείας, που ήταν άγνωστη στους πάντες, ονομάστηκε «Αόρατος Αρχή» και η Εταιρεία «Ναός».
Από την ίδρυσή της το φθινόπωρο του 1814 μέχρι το 1818 η Εταιρεία διακρίνεται για την εσωστρέφεια και τη στασιμότητά της, αφού προσβλέποντας σε εύπορους Έλληνες των παροικιών, προσέλκυσε μόλις τριάντα μέλη. Το 1816 ο Σκουφάς μύησε τον Παναγιώτη Σέκερη και τον υπάλληλό του Παναγιώτη Αναγνωστόπουλο. Ο Σέκερης βοήθησε την Εταιρεία οικονομικά ενώ ο Αναγνωστόπουλος απεδείχθη εξαιρετικά δραστήριος, τόσο ώστε να μπορεί να θεωρηθεί ως ένας από τους ιδρυτές της. Την άνοιξη του 1818, η Εταιρεία μετακόμισε στην Κωνσταντινούπολη και εκεί διευρύνθηκε ακόμα περισσότερο. Η «Αόρατη Αρχή» μετονομάστηκε σε «Αρχή των Δώδεκα Αποστόλων». Οι Απόστολοι της Φιλικής Εταιρείας είχαν οριστεί από τον Σκουφά.
Κάθε Απόστολος ανέλαβε μια μεγάλη περιφέρεια:
1. ο Γεωργάκης Ολύμπιος, τη Σερβία,
2. ο Δημήτριος Βατικιώτης, τη Βουλγαρία,
3. ο Κωνσταντίνος Πεντεδέκας, τη Ρουμανία,
4. ο Χριστόδουλος Λουριώτης, την Ιταλία,
5. ο Αναγνωσταράς (Αναγνώστης Παπαγεωργίου), τα νησιά του Σαρωνικού,
6. ο Ηλίας Χρυσοσπάθης, τη Μεσσηνία,
7. ο Γιάννης Φαρμάκης, τη Μακεδονία και τη Θράκη,
8. ο Ασημάκης Κροκίδας, την Ήπειρο,
9. ο Αντώνιος Πελοπίδας, την Πελοπόννησο,
10. ο Δημήτριος Ίπατρος, την Αίγυπτο,
11. ο Γαβριήλ Κατακάζης, τη Νότια Ρωσία και
12. ο Κυριάκος Καμαρινός, τη Μάνη.
Στις 30 Ιουλίου 1818, απρόσμενα πέθανε ο Σκουφάς. Τη θέση του πήρε ο Αναγνωστόπουλος. Μέχρι το 1820 οι μυημένοι στη Φιλική Εταιρεία έγιναν περίπου 1100. Έμποροι, οπλαρχηγοί, Φαναριώτες, καραβοκύρηδες, κοτζαμπάσηδες, κληρικοί μυήθηκαν στη Φιλική Εταιρεία. Ανάμεσά τους ο Παλαιών Πατρών Γερμανός, ο Οδυσσέας Ανδρούτσος, ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης, ο Παπαφλέσσας, οι αδελφοί Λάζαρος και Γεώργιος Κουντουριώτης, ο Πετρόμπεης Μαυρομιχάλης, ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος, ο Θεόδωρος Νέγρης, ο Ανδρέας Ζαΐμης, ο Ανδρέας Λόντος, ο Ιωάννης Νοταράς κ.α.
Η ένταξη στη Φιλική Εταιρεία προϋπέθετε δοκιμασία, πίστη και αφοσίωση και γινόταν με όρκο ζωής:
«Όρκος των Φιλικών»
Ορκίζομαι ενώπιον του αληθινού θεού οικειοθελώς, ότι θέλω είμαι επί ζωής μου πιστός εις την Εταιρείαν κατά πάντα. Να μη φανερώσω το παραμικρόν από τα σημεία και λόγους της, μήτε να σταθώ κατ' ουδένα λόγον η αφορμή του να καταλάβωσιν άλλοι ποτέ, ότι γνωρίζω τι περί τούτων, μήτε εις συγγενείς μου, μήτε εις πνευματικόν ή φίλον μου.
Ορκίζομαι, ότι εις το εξής δεν θέλω έμβει εις καμίαν άλλην εταιρείαν, οποία και αν είναι, μήτε εις κανένα δεσμόν υποχρεωτικόν. Και μάλιστα, οποιονδήποτε δεσμόν αν είχα, και τον πλέον αδιάφορον ως προς την Εταιρείαν, θέλω τον νομίζει ως ουδέν.
Ορκίζομαι, ότι θέλω τρέφει εις την καρδίαν μου αδιάλλακτον μίσος εναντίον των τυράννων της πατρίδος μου, οπαδών και των ομοφρόνων με τούτους. Θέλω ενεργεί κατά πάντα τρόπον προς βλάβην και αυτόν τον παντελή όλεθρόν των, όταν η περίστασις το συγχωρήση.
Ορκίζομαι να μη μεταχειρισθώ ποτέ βίαν δια να συγγνωρισθώ με κανένα συνάδελφον, προσέχων εξ εναντίας με την μεγαλυτέραν επιμέλειαν να μη λανθασθώ κατά τούτο, γινόμενος αίτιος ακολούθου τινός συμβάντος.
Ορκίζομαι να συντρέχω, όπου εύρω τινά συνάδελφον, με όλην την δύναμιν και την κατάστασίν μου. Να προσφέρω εις αυτόν σέβας και υπακοήν, αν είναι μεγαλύτερος εις τον βαθμόν, και αν έτυχε πρότερον εχθρός μου, τόσον περισσότερον να τον αγαπώ και να τον συντρέχω καθ' όσον η έχθρα μου ήθελε είναι μεγαλυτέρα.
Ορκίζομαι, ότι, καθώς εγώ παρεδέχθην εις την Εταιρείαν, να δέχωμαι παρομοίως άλλον αδελφόν, μεταχειριζόμενος πάντα τρόπον και όλην την κανονιζομένην άργητα, εωσού τον γνωρίσω Έλληνα αληθή, θερμόν υπερασπιστήν της πατρίδος, άνθρωπον ενάρετον και άξιον όχι μόνον να φυλάττη το μυστικόν, αλλά να κατηχήση και άλλον ορθού φρονήματος.
Ορκίζομαι να μην ωφελώμαι κατ' ουδένα τρόπον από τα χρήματα της Εταιρείας, θεωρών αυτά ως ιερόν πράγμα και ενέχυρον ανήκον εις όλον το έθνος μου. Να προφυλάττωμαι παρομοίως και εις τα λαμβανόμενα και στελλόμενα εσφραγιαμένα γράμματα.
Ορκίζομαι να μην ερωτώ ποτέ κανένα των Φιλικών με περιέργειαν, δια να μάθω οποίος τον εδέχθη εις την Εταιρείαν. Κατά τούτο δε μήτε εγώ να φανερώσω, ή να δώσω αφορμήν εις τούτον να καταλάβη, ποίος με παρεδέχθη. Να υποκρίνωμαι μάλιστα άγνοιαν, αν γνωρίζω το σημείον εις το εφοδιαστικόν τινος
Ορκίζομαι να προσέχω πάντοτε εις την διαγωγήν μου, να είμαι ενάρετος. Να ευλαβώμαι την θρησκείαν μου, χωρίς να καταφρονώ τας ξένας. Να δίδω πάντοτε το καλόν παράδειγμα. Να συμβουλεύω και να συντρέχω τον ασθενή, τον δυστυχή και τον αδύνατον. Να σέβωμαι την διοίκησιν, τα έθιμα, τα κριτήρια και τους διοικητάς του τόπου, εις τον οποίον διατρίβω.
Τέλος πάντων ορκίζομαι εις Σε, ω Ιερά πλην τρισαθλία Πατρίς, ορκίζομαι εις τους πολυχρονίους βασάνους Σου, ορκίζομαι εις τα πικρά δάκρυα, τα οποία τόσους αιώνας έχυσαν και χύνουν τα ταλαίπωρα τέκνα Σου, εις τα ίδια μου δάκρυα, χυνόμενα κατά ταύτην την στιγμήν, και εις την μέλλουσαν ελευθερίαν των ομογενών μου, ότι αφιερώνομαι όλως εις Σε. Εις το εξής Συ θέλεις είσαι η αιτία και ο σκοπός των διαλογισμών μου. Το όνομά Σου ο οδηγός των πράξεών μου και η ευτυχία Σου η ανταμοιβή των κόπων μου. Η θεία δικαιοσύνη ας εξαντλήση επάνω εις τη κεφαλήν μου όλους τους κεραυνούς της, το όνομά μου να είναι εις αποστροφήν, και το υποκείμενόν μου το αντικείμενον της κατάρας και του αναθέματος των Ομογενών μου, αν ίσως λησμονήσω εις μίαν στιγμήν τας δυστυχίας των και δεν εκπληρώσω το χρέος μου. Τέλος ο θάνατός μου ας είναι η άφευκτος τιμωρία του αμαρτήματός μου, δια να μη μολύνω την αγνότητα της Εταιρείας με την συμμετοχήν μου.
Οι φιλικοί είχαν ψευδώνυμα και χρησιμοποιούσαν κρυπτογραφικό κώδικα. Ένα πέπλο μυστηρίου κάλυπτε την Αρχή αφού τα μέλη της ήταν άγνωστα. Έτσι οι υποτιθέμενες διασυνδέσεις και στηρίξεις της Εταιρείας φάνταζαν μεγάλες.
Όπως είναι αναμενόμενο σε ένα τέτοιας έκτασης πολιτικό εγχείρημα που ξεκίνησε από το εξωτερικό και η ιδέα του άρχισε να διαχέεται στην υπόδουλη Ελλάδα, αρκετοί πολιτικοί τυχοδιώκτες βρήκαν πρόσφορο έδαφος και μπήκαν στις τάξεις της Εταιρείας. Αφού οι μυημένοι πλήθαιναν και το όλο εγχείρημα κινδύνευε να γίνει γνωστό, θα έπρεπε να εμφανιστεί ο επικεφαλής της Εταιρείας. Αυτός δεν θα μπορούσε να είναι ένας από τους άσημους μικρεμπόρους της Αρχής, αλλά κάποιος γνωστός και ισχυρός Έλληνας. Ο Καποδίστριας, που ήταν η πρώτη επιλογή των φιλικών αρνήθηκε. Όμως, με τη βοήθεια του υπαλλήλου του Καποδίστρια, φιλικού Κωνσταντίνου Καντιώτη, ο Εμμανουήλ Ξάνθος ζήτησε από τον εξάδελφο των Υψηλάντηδων Ιωάννη Μάνο, συνάντηση με τον πρίγκιπα Αλέξανδρο Υψηλάντη. Οι κοινοί τεκτονικοί δεσμοί διευκόλυναν την προσέγγιση. Τον διάλογο από αυτή τη συνάντηση, που έγινε στην Πετρούπολη στις 11 Απριλίου 1820, περιγράφει ο Ξάνθος:
- Υψηλάντης: «Γιατί οι Έλληνες δεν προσπαθούν να ενεργήσουν ώστε, αν δεν δύνανται να ελευθερωθούν από τον ζυγόν, τουλάχιστον να τον ελαφρώσουν;»
- Ξάνθος: «Πρίγκιψ, με ποία μέσα και με ποίους οδηγούς να ενεργήσωσιν οι δυστυχείς Έλληνες την βελτίωσιν της πολιτικής των καταστάσεως; Αυτοί έμειναν εγκαταλελειμμένοι από εκείνους, οίτινες εδύναντο να τους οδηγήσωσι, διότι όλοι οι καλοί ομογενείς καταφεύγουν εις ξένους τόπους και αφήνουν τους ομογενείς των ορφανούς. Ιδού ο Κόμης Καποδίστριας υπηρετεί τη Ρωσίαν, ο μακαρίτης πατήρ σας κατέφυγε εδώ και ο Καρατζάς εις την Ιταλίαν, υμείς ο ίδιος υπηρετούντες την Ρωσίαν εχάσατε υπέρ αυτής την δεξιάν χείρα σας, και άλλοι ίσοι καλοί καταφεύγοντες εις την χριστιανικήν Ευρώπην μένουν εκεί, χωρίς να φροντίζουν δια τους δυστυχείς αδελφούς των.»
- Υψηλάντης: «Αν εγώ εγνώριζον ότι οι ομογενείς μου είχον ανάγκην από εμέ και εστοχάζοντο, ότι εδυνάμην να συντελέσω εις την ευδαιμονίαν των, σου λέγω εντίμως, ότι ήθελον μετά προθυμίας κάμω κάθε θυσίαν, ακόμη και την κατάστασίν μου, και τον εαυτόν μου θα εθυσίαζον υπέρ αυτών».
- Ξάνθος: «Δος μοι Πρίγκιψ, την χείρα σας εις βεβαίωσιν των όσων εκφράσθητε».
Ο Υψηλάντης του έδωσε το χέρι του. Την επόμενη ημέρα, στις 12 Απριλίου 1820, τον επισκέφθηκε και πάλι ο Ξάνθος. Τον κατήχησε και τον όρκισε σύμφωνα με το τυπικό της Εταιρείας. Ο Υψηλάντης ανέλαβε επίσημα Γενικός Επίτροπος της Ελληνικής Φιλικής Εταιρείας, με το συνωμοτικό επίθετο «Καλός» και τα αρχικά «Α.Ρ.» για να υπογράφει.
Ο Αλέξανδρος Υψηλάντης ήταν γιος του ηγεμόνα της Μολδοβλαχίας Κωνσταντίνου Υψηλάντη και της Ελισάβετ Βακαρέσκου και γεννήθηκε στην Κωνσταντινούπολη το 1792 . Η οικογένεια του καταγόταν από τα Ύψηλα της Τραπεζούντας. Το 1655 ο Αντίοχος Υψηλάντης εγκαταστάθηκε στην Κωνσταντινούπολη. Το 1810, ο Αλέξανδρος Υψηλάντης σε ηλικία δεκαοχτώ ετών, κατατάχτηκε ως ανθυπίλαρχος στο σώμα των σωματοφυλάκων του Τσάρου Αλέξανδρου Α΄ της Ρωσίας και διακρίθηκε στις μάχες κατά του Ναπολέοντα. Στις 27 Αυγούστου 1813, στη μάχη της Δρέσδης, έχασε το δεξί του χέρι. Το 1814-1815 συμμετείχε ως μέλος της αυτοκρατορικής ακολουθίας στο Συνέδριο της Βιέννης με τον βαθμό του υποστράτηγου. Η φήμη του δεν άργησε να φτάσει και στους φιλικούς που μετά την άρνηση του Καποδίστρια, δεν δίστασαν να του δώσουν την Αρχή της Φιλικής Εταιρείας.
