Ζήτησε και κατάφερε να διατηρήσει αποκλειστικά τη διαχείριση αυτού του ποσού για:
* τη συνεργασία του με τον Κάρολο Φαβιέρο (Charles Nicolas Fabvier),
* τον σχηματισμό τακτικού στρατού καθώς και
* την προετοιμασία της άφιξης του λόρδου Κόχραν.
Την πρώτη φορά που ο Γκόρντον είχε έλθει στην Ελλάδα ήταν τον Αύγουστο του 1821, όταν με δικά του έξοδα μετέφερε φιλέλληνες και Έλληνες αγωνιστές από τη Μασσαλία. Ήταν ο πρώτος Άγγλος φιλέλληνας που εντάχθηκε στις γραμμές των επαναστατών, πήρε μέρος στην πολιορκία της Τριπολιτσάς αλλά αποχώρησε αηδιασμένος τον Νοέμβριο, αμέσως μετά την ανελέητη σφαγή που ακολούθησε την άλωσή της. Πέρασε στη Ζάκυνθο και από εκεί επέστρεψε στη Σκωτία. Τον Νοέμβριο του 1822 η προσωρινή ελληνική κυβέρνηση της Ερμιόνης με επιστολή του ζήτησε να επιστρέψει. Ο Γκόρντον αρνήθηκε, αλλά το 1823 εντάχθηκε στο φιλελληνικό κομιτάτο του Λονδίνου.
Στις 24 Ιανουαρίου 1827 ο Γκόρντον με σημαντικές δυνάμεις και την κάλυψη των πυροβόλων της «Καρτερίας», αποβιβάστηκε στο Φάληρο και κατέλαβε στρατηγικές θέσεις στην Καστέλλα. Ταυτόχρονα, ένα άλλο στρατιωτικό τμήμα στα βόρεια έπιανε τα περάσματα προς την Πάρνηθα. Η αντίδραση του Κιουταχή (Reşid Mehmed Paşa) ήταν άμεση. Μετακινώντας πυροβολικό στα παράλια, ανάγκασε την «Καρτερία» να απομακρυνθεί από το Φάληρο. Στα βόρεια, με ανάλογη επίθεση, κατέστρεψε το στρατιωτικό σώμα του πρώην συνταγματάρχη του γαλλικού στρατού και αγνού πατριώτη Διονυσίου Μπούρμπαχη, σκοτώνοντας περίπου τριακόσιους πενήντα Έλληνες και φιλέλληνες. Τα κεφάλια των σκοτωμένων και το ξίφος του Μπούρμπαχη έφθασαν στην Αθήνα για να τρομάξουν τους πολιορκημένους και κατόπιν στάλθηκαν στον σουλτάνο στην Κωνσταντινούπολη, ως τρόπαια. Η κατάσταση και πάλι ήταν κρίσιμη.
Στις 28 Φεβρουαρίου 1827 έφθασε στην Ελευσίνα, ερχόμενος από το Δίστομο και ο Καραϊσκάκης με τους περίπου χίλιους ταλαιπωρημένους «νηστικούς και ανυπόδητους» άντρες του. Μετά από δυο ημέρες διέταξε να συναντηθούν όλα τα σώματα εκεί. Πράγματι στην Ελευσίνα έφθασαν χίλιοι πεντακόσιοι άνδρες από την Πελοπόννησο, τη Μακεδονία, την Κρήτη, την Ήπειρο, τα Επτάνησα τη Θράκη και τη Μικρά Ασία. Αμέσως ξεκίνησαν για να καταλάβουν το μετόχι στο Κερατσίνι όπου υπήρχε φρουρά των Τούρκων. Παρά και την επιτόπου παρουσία του ίδιου του Κιουταχή τη δεύτερη ημέρα της μάχης και τα ισχυρά πυροβόλα που τους υποστήριζαν, οι Τούρκοι υποχώρησαν με μεγάλες απώλειες στις 5 Μαρτίου.
Τις ίδιες ημέρες, στις αρχές Μαρτίου, έφθασαν στην έδρα της κυβέρνησης στην Αίγινα και οι δύο αναμενόμενοι ως σωτήρες, Βρετανοί στρατιωτικοί. Ο Ρίτσαρντ Τσωρτς (sir Richard Church) ή Τσουρτς όπως αναφέρεται σε όλα τα κυβερνητικά έγγραφα και ο Τόμας-Αλεξάντερ Κόχραν (Thomas Alexander Cochrane). Ο ιρλανδικής καταγωγής Τσωρτς ήταν στρατιωτικός καριέρας που το 1809 συμμετείχε στην κατάληψη των Ιονίων νησιών της Ζακύνθου, της Κεφαλονιάς, της Ιθάκης και των Κυθήρων που μέχρι τότε βρίσκονταν υπό γαλλική κυριαρχία. Τότε ίδρυσε στη Ζάκυνθο σύνταγμα ελαφρού πεζικού και ως επικεφαλής του το 1810 αγωνίστηκε στη Λευκάδα όπου και τραυματίστηκε. Στη Ζάκυνθο γνωρίστηκε με αρκετούς Έλληνες που είχαν περάσει εκεί μετά τον διωγμό των κλεφτών από την τουρκοκρατούμενη Ελλάδα. Μετά τη λήξη των Ναπολεόντειων πολέμων μπήκε στην υπηρεσία του βασιλιά των δύο Σικελιών, Φερδινάνδου Α΄. Κλήθηκε στην Ελλάδα στις αρχές του 1827 για να αναλάβει την αρχιστρατηγία. Ο Τσωρτς ήταν παλιός γνώριμος πολλών αγωνιστών αφού αυτός είχε οργανώσει τα ελληνικά τάγματα της Επτανήσου το 1814. Ο λόρδος Κόχραν ήταν μια διαφορετική περίπτωση. Τυχοδιώκτης, τολμηρός και επιτυχημένος καπετάνιος στους Ναπολεόντειους πολέμους που όμως είχε αποπεμφθεί από το βρετανικό ναυτικό το 1814 για χρηματιστηριακή απάτη. Στη σύναψη του δεύτερου ελληνικού δανείου στο Λονδίνο, ο λόρδος Κόχραν επειδή μεσολάβησε στην παραγγελία των έξι ατμοκίνητων πλοίων από το αγγλικό ναυπηγείο Brent Shipyard Deptford on Thames, πήρε προμήθεια 36.000 λίρες.
Στις 16 Μαρτίου 1827, ο λόρδος Κόχραν με διάταγμα της εθνοσυνέλευσης της Τροιζήνας, διορίστηκε «πρώτος Στόλαρχος πασών των Ναυτικών Δυνάμεων της Ελλάδος» στη θέση του ναυάρχου Ανδρέα Μιαούλη. Αρχιστράτηγος, για τον στρατό της ξηράς, ορίστηκε ο στρατηγός Ρίτσαρντ Τσωρτς στη θέση του Καραϊσκάκη. Αυτό το σύστημα «τετραρχίας» υποχρέωσε την ελληνική αντιπροσωπεία να υπογράψει συμβόλαιο με τον Κόχραν, με το οποίο αυτός για τις υπηρεσίες του θα εισέπραττε αμοιβή 57.000 λιρών. Στην ορκωμοσία του μπροστά στους πληρεξούσιους της εθνοσυνέλευσης της Τροιζήνας, ο Κόχραν έδωσε προκήρυξη σύμφωνα με την οποία «….θα ανορθωνόταν πάλι η βυζαντινή αυτοκρατορία και η ελληνική σημαία θα υψωνόταν στην Αγιά Σοφιά…».
Αφού η κυβέρνηση, υποκύπτοντας στις αγγλικές πιέσεις για τη ρύθμιση των δανείων, ανέθεσε τη διοίκηση του στρατού ξηράς και του στόλου στους Βρετανούς, ο Καραϊσκάκης και ο Μιαούλης έγιναν ξαφνικά απλοί μεσολαβητές ανάμεσα στους ξένους διοικητές και στα στρατεύματα ή πληρώματα των επαναστατικών δυνάμεων. Ο Μιαούλης, περιμένοντας μια τέτοια εξέλιξη, είχε ήδη παραιτηθεί και περιορίστηκε στη διοίκηση του πολεμικού του πλοίου «Ελλάς». Για αυτές τις αλλαγές γράφει ο Μακρυγιάννης:
«…Έφκειασαν την Συνέλεψη, διόρισαν τον ναύαρχον τον νέον, ότι γέρασε ο Μιαούλης, τον αρχιστράτηγον, ότι δεν δύνεται ο Καραϊσκάκης, και γράψαν μίαν διαταγή εις τον Καραϊσκάκη οι καλοί πατριώτες και τόλεγαν, όταν κιντύνευε η πατρίς, όταν νάστιβε ο Καραϊσκάκης και οι συντρόφοι του τα πουκάμισά τους, εκίναγε το αίμα από την Αράχωβα, από τον Έπαχτο, από το Δίστομον κι’ από τον καθημερινό πόλεμο, τότε έγραψαν του Καραϊσκάκη και τόπαιρναν τα συχαρίκια ότι διόρισαν τον Τζούρτζη - κι’ αυτός να είναι εις την οδηγίαν του. Στοχαστήτε, εσείς αναγνώστες― αυτείνη την εποχή ποιός είχε γνώση δια να σώση την πατρίδα - και ποιός να την χάση.Με τόση δύναμη ο Καραϊσκάκης δεν θα τους έγκειανε φλούδα όλους αυτούς; …»
Στρατηγού Μακρυγιάννη «ΑΠΟΜΝΗΜΟΝΕΥΜΑΤΑ»
Όμως οι ξένοι, έφερναν μαζί τους και μια οικονομική ενίσχυση 20.000 λιρών από την αγγλική κυβέρνηση… Η λάμψη και τα ενθουσιώδη λόγια των Βρετανών σε συνδυασμό με το κύρος του Καραϊσκάκη αλλά και τα επιπλέον χρήματα της τελευταίας δόσης του δανείου που διαχειριζόταν αποκλειστικά ο Τόμας Γκόρντον, αναθάρρησαν τους Έλληνες που έσπευδαν στη Σαλαμίνα και στην Ελευσίνα για να πάρουν μέρος στις μάχες εναντίον των Οθωμανών του Κιουταχή. Έτσι άρχισε να συγκεντρώνεται σημαντική δύναμη για το μεγάλο εγχείρημα της Αθήνας. Ανάμεσά τους υπήρχαν και είκοσι έξι φιλέλληνες. Στο ιππικό είχε καταταγεί με το βαθμό του συνταγματάρχη και ο Πορτογάλος Αντόνιο Φιγκέιρα Αλμέιντα (Antonio Figueira d' Almeida). Όμως όλη αυτή η δύναμη δεν έπαυε να αποτελείται από στρατεύματα ατάκτων που μπορεί να τα κατάφερναν περίφημα σε αμυντικούς αγώνες αλλά δεν είχαν καμιά επιθετική εμπειρία ειδικά σε ανοιχτό έδαφος.
Στις 7 Απριλίου 1827, λίγες ημέρες μετά τους επίσημους διορισμούς τους, ο Τσωρτς και ο Κόχραν έφθασαν στο στρατόπεδο του Καραϊσκάκη στο Κερατσίνι. Αμέσως πρότειναν γενική επίθεση κατά του Κιουταχή για την απελευθέρωση της Ακρόπολης! Φυσικά ο Καραϊσκάκης, γνωρίζοντας τις ικανότητες και την ποιότητα των στρατευμάτων, αντέδρασε και αντιπρότεινε να ενταθεί ο αποκλεισμός των Τούρκων, τόσο από την ξηρά όσο και από τη θάλασσα. Οι πολιορκημένοι στην Ακρόπολη, με επικεφαλής τον Φαβιέρο, άντεχαν αφού είχαν εφόδια για αρκετούς μήνες ακόμα. Έτσι πρότεινε να ολοκληρώσουν τον αποκλεισμό από το Κερατσίνι μέχρι την Καστέλα καταλαμβάνοντας τα στρατηγικά σημεία του Πειραιά.
Εν τω μεταξύ, στο στρατόπεδο του Πειραιά συγκεντρώθηκαν από όλα τα μέρη της Αττικής αλλά και της Πελοποννήσου και των νησιών περίπου τρεισήμισι χιλιάδες άντρες. Επίσης στο Κερατσίνι συγκεντρώθηκαν ακόμα περισσότεροι Σουλιώτες όπως ο Λάμπρος Βέικος με τους άντρες του, οι Τζαβελαίοι, οι Μποτσαραίοι και Πελοποννήσιοι όπως οι Πετμεζάδες από τα Καλάβρυτα, οι Σισιναίοι από την Ηλεία κ.α. Η συνολική ελληνική δύναμη ξεπέρασε τους ένδεκα χιλιάδες άνδρες. που ήταν ίσως η μεγαλύτερη σε όλη τη διάρκεια της Επανάστασης.
Στον Πειραιά, οι Τούρκοι είχαν εγκαταστήσει ισχυρή φρουρά Αλβανών στο μοναστήρι του Αγίου Σπυρίδωνα, εκεί που βρίσκεται και σήμερα ο ομώνυμος Ναός και από εκεί μπορούσαν να ελέγχουν την περιοχή του λιμανιού. Γύρω από τη μονή είχαν εγκαταστήσει οχυρώματα (ταμπούρια) σε καίριες θέσεις. Ο Καραϊσκάκης αποφάσισε να γίνει επίθεση στον Πειραιά. Στις 13 Απριλίου οι ελληνικές δυνάμεις, υπό τα βλέμματα του Κόχραν και του Τσωρτς που βρίσκονταν στα πλοία τους, στον δρόμο τους για τον Πειραιά με πραγματική γενναιότητα, κατέλαβαν εννέα τουρκικά ταμπούρια. Ο Κόχραν ενθουσιασμένος από τις επιτυχίες πρότεινε και πάλι γενική επίθεση στην Ακρόπολη. Δεν εισακούστηκε και έτσι την επόμενη ημέρα, 14 Απριλίου, οι Έλληνες έφθασαν κοντά στο μοναστήρι. Εκεί υπήρχε φρουρά τριακοσίων πενήντα Αλβανών. Τότε έφθασαν στον Πειραιά η φρεγάτα «Ελλάς» με τον Κόχραν, (το «παπόρι» για τον Μακρυγιάννη), η γολέτα του Τσωρτς, η «Ελλάς» του Μιαούλη και άλλα καράβια και τα κανόνια τους άρχισαν το έργο τους:
«… Ήρθε ο Μιαούλης, άλλα καράβια και η φεργάδα και το παπόρι, και βαρούσαν το Μοναστήρι κι' όσα ταμπούρια ήταν πρόσωπον κατά την θάλασσα. Ως τη γης το πήγαν χτυπώντας το Μοναστήρι· και οι Τούρκοι πολεμούσαν γενναίως, ως λιοντάρια. ….»
Στρατηγού Μακρυγιάννη «ΑΠΟΜΝΗΜΟΝΕΥΜΑΤΑ»
Ταυτόχρονα οι χερσαίες δυνάμεις του Καραϊσκάκη κατάφεραν να ολοκληρώσουν την κατάληψη των τούρκικων οχυρωμάτων και έτσι να αποκλείσουν τη μονή του Αγίου Σπυρίδωνα και από το μέρος της ξηράς. Μόνο στην κορυφή του λόφου πάνω από το μοναστήρι εξακολουθούσε να παραμένει φρουρά του τουρκικού πυροβολικού. Αναφέρεται ότι από τα πλοία έπληξαν το μοναστήρι περίπου δύο χιλιάδες βολές και έτσι οι Αλβανοί ζήτησαν ανακωχή. Στη διάρκεια της ανακωχής και των διαβουλεύσεων η φρουρά της μονής, με μια βδελυρή ενέργεια εξόργισε τους Έλληνες. Ενώ ο απεσταλμένος του γραμματέα του Κόχραν, Σκωτσέζου φιλέλληνα νεαρού ταγματάρχη Ντέιβιντ Ερκχάρτ (David Urquhart) πλησίαζε στο μοναστήρι με τη λευκή σημαία για να δώσει τις προτάσεις συμβιβασμού, οι Αλβανοί τον σκότωσαν ενώ πυροβόλησαν και τον Ερκχάρτ. Αυτό εξόργισε τον Κόχραν που απαιτούσε και πάλι γενική έφοδο στο μοναστήρι. Την επόμενη ημέρα και μετά από νέους κανονιοβολισμούς από τα πλοία, οι Τουρκαλβανοί του Αγίου Σπυρίδωνα ξαναζήτησαν ανακωχή. Τότε, ως πιο μετριοπαθής, ανέλαβε ο Τσωρτς που έδωσε εντολή στον Καραϊσκάκη να διαπραγματευτεί. Στις 16 Απριλίου, ο συμβιβασμός επιτεύχθηκε και οι Αλβανοί συνθηκολόγησαν υπό τον όρο να φύγουν ανενόχλητοι «…με όλες τις τιμές…» υπό την προστασία του Καραϊσκάκη και των Σουλιωτών που τους εμπιστεύονταν περισσότερο αφού γνωρίζονταν από παλιότερα.
Ο Καραϊσκάκης έστειλε τον Βάσσο Δυοβουνιώτη με τους άντρες του να παραταχθούν σε δυο στίχους έτσι ώστε να περνούν ανάμεσά τους ασφαλείς, οι παραδοθέντες Τουρκαλβανοί. Όμως η ένταση των προηγούμενων ημερών αλλά και η μη εύρεση λαφύρων στο μοναστήρι από τους Έλληνες, οδήγησε σε ομαδική σφαγή των παραδοθέντων λίγα μέτρα μετά την πύλη. Οι περίπου εβδομήντα που διασώθηκαν χάρη στην επέμβαση των Σουλιωτών, κατάφεραν να φτάσουν στην κορυφή του απέναντι λόφου, στη σημερινή Τερψιθέα, που κατείχε το τουρκικό πυροβολικό.
Η αθέτηση της συμφωνίας ήταν μια αποτρόπαια πράξη που κηλίδωνε τον αγώνα των εξεγερμένων και που εξόργισε τους πάντες. Η θέση του Καραϊσκάκη ήταν πολύ δύσκολη, αφού βρέθηκε υπόλογος για την αδυναμία του να επιβάλει τους όρους της συνθήκης. Το κύρος του είχε πληγεί καίρια. Ο συνταγματάρχης Γκόρντον, αηδιασμένος από τη σφαγή, αποχώρησε ξανά από την Ελλάδα. Το ίδιο έκαναν και αρκετοί φιλέλληνες. Ο «πολύς» Κόχραν απειλούσε με παραίτηση αλλά πολλοί κράτησαν μια ουδέτερη στάση. Για να προληφθούν χειρότερες εξελίξεις αποφασίστηκε η επίσπευση της επίθεσης στον Κιουταχή. Έτσι ο Καραϊσκάκης, που υπέφερε χρόνια από φυματίωση, σε μια σύσκεψη οπλαρχηγών που έγινε στη σκηνή του, τους πρότεινε τις απαιτούμενες κινήσεις για την επίθεση στην Αθήνα:
«…Να γίνουν δυο κολώνες· μία κολώνα να πάγη από τους Τρείς Πύργους, δυο χιλιάδες, να δώσουν εκεί προσοχή οι Τούρκοι, κι’ από της ελιές να κινηθή ο Καραϊσκάκης να έμπη μέσα εις την Αθήνα…»
Στρατηγού Μακρυγιάννη «ΑΠΟΜΝΗΜΟΝΕΥΜΑΤΑ»
Κατόπιν, αφού είπε στον Μακρυγιάννη να αναφέρει το σχέδιο στους Τσωρτς και Κόχραν, αποχώρησε ασθενής. Στο μοναστήρι άφησε ένα τμήμα από τους άνδρες του Μακρυγιάννη. Το σχέδιο του Καραϊσκάκη, λόγω της απειρίας των στρατευμάτων, απαιτούσε τη δημιουργία έντεκα ταμπουριών από τους Τρεις Πύργους (σημερινό Δέλτα) μέχρι τον Ανάλατο (σήμερα η περιοχή νοτιοανατολικά του Αγίου Σώστη, στο όριο Νέου Κόσμου, Νέας Σμύρνης). Δηλαδή έντεκα ταμπούρια στη διαδρομή της σημερινής λεωφόρου Συγγρού, από το Δέλτα μέχρι τον Άγιο Σώστη. Το πρώτο οχύρωμα, στον Ανάλατο, θα υποστηριζόταν από χίλιους άνδρες. Τα οχυρώματα ήταν αναγκαία για τους άτακτους άντρες του ελληνικού στρατοπέδου αφού έτσι θα μπορούσαν να αντιμετωπίσουν την αναμενόμενη επίθεση του ιππικού του Κιουταχή που θα ερχόταν από τα Πατήσια. Το σχέδιο επίσης προέβλεπε την παράλληλη κίνηση ενός ισχυρού σώματος που θα ξεκινούσε από το Κερατσίνι και μέσω του Ελαιώνα θα έφτανε στην Ακρόπολη.
Πάνω σε αυτές τις προετοιμασίες, στο Φάληρο, στις 22 Απριλίου δυο ομάδες νησιωτών και Κρητικών, αν και είχαν φθάσει στα όρια ενός τούρκικου οχυρώματος, υπό την επήρεια αλκοόλ άρχισαν να φιλονικούν. Ο Καραϊσκάκης από τη σκηνή του στο Φάληρο, φοβούμενος νέες περιπέτειες απειθαρχίας, κατευθύνθηκε στην εστία τις φιλονικίας με σκοπό να ηρεμήσει τα πνεύματα. Όμως, μετά από τρεις ώρες αψιμαχιών κι ενώ η κατάσταση είχε ομαλοποιηθεί, μια σφαίρα τον πέτυχε στην κοιλιά, λίγο πιο πάνω από την αριστερή βουβωνική χώρα, στην περιοχή των λαγονίων αγγείων. Μεταφέρθηκε ημιθανής στη σκηνή του στο Φάληρο και από εκεί στη γολέτα του Τσωρτς. Εκεί, αφήνοντας οδηγίες και διαθήκη, πέθανε ζητώντας να τον θάψουν στον Άγιο Δημήτριο, στη Σαλαμίνα. Ο θάνατός του μέχρι σήμερα θεωρείται «ύποπτος», αφού το τραύμα του είχε φορά από πάνω προς τα κάτω και είναι άγνωστο από που πυροβολήθηκε. Από το κοντινό τούρκικο ταμπούρι ή μήπως από «φίλιο» χέρι αφού αυτός ήταν έφιππος; Όπως ζήτησε κηδεύτηκε στη Σαλαμίνα.
Μαζί του κηδεύτηκαν και οι ελπίδες για την απελευθέρωση της Αθήνας αλλά και την τελική επιτυχία του επαναστατικού Αγώνα. Είναι χαρακτηριστικά της τεράστιας απώλειας όσα αναφέρονται στο Ψήφισμα της Γ’ Εθνικής Συνελεύσεως για τον θάνατό του:
«Προς τον εξοχώτατον Α’ Στόλαρχον, προς τον εξοχώτατον Άρχιστράτηγον και προς τους γενναιότατους οπλαρχηγούς και στρατιώτας τους συγκροτούντας το στρατόπεδον της Αττικής.
Tη 27 Απριλίου 1827
Η φιλτάτη Πατρίς θρηνεί απαρηγόρητος, απωλέσασα το γνησιώτατoν τέκνον της, θρηνεί και κόπτεται στερηθείσα του θερμού προμάχου των ιερών της δικαίων, θρηνεί τον διαρρήξαντα, τας νέας αλύσεις της Στερεάς Ελλάδος, τον ένδοξον νικητή της Αραχώβης, τον εξολοθρευτή των τυράννων: θρηνεί τον αρείτολμον Γενικό Αρχηγό Καραϊσκάκην, όστις μαχόμενος υπέρ των κλεινών Αθηνών, έπεσεν ενδόξως και πνέων τα λοίσθια άλλο τι δεν, παρήγγειλε, παρά των Αθηνών την διάσωσην.
Ελλάς, πένθησον τον πολύτιμόν σου Καραϊσκάκην, Ελληνίδες! μαυρoφορέσατε δια τον υπερασπιστήν της τιμής σας! Φιλέλληνες! Έλληνες! στρατιώται, εμβριμήσατε δια τον ανδρείον συστpατιώτη σας και καταβρέχοντες την Ιεράν γην των κλεινών Αθηνών με τα καρδιοστάλακτα δάκρυά σας, εκδικηθείτε το αίμα του, τιμωρήσατε τους ασεβέστατους φονείς του και σώσατε τας Αθήνας.
Eυδαίμων Καραϊσκάκη! ορκισθείς να ζήσεις ή να αποθάνης, ελεύθερος, εφύλαξες τον ορκον σου, ως χρηστός πολίτης, ως ευσεβής χριστιανός, ως τίμιος άνθρωπος. Ως τοιούτον της ανεκτιμήτου Ελευθερίας μάρτυρα, ως αθλήσαντα και στεφανωθέντα με τας δάφνας της δόξης και της αθανασίας, Σε υπεδέχθησαν εις τα Ηλύσια πεδία προσμειδιώντες οι τpισόλβιοι εκείνoι ήρωες όσοι απέθανον διά τα δίκαια της Πατρίδος και της Ανθρωπότητος.
Μεταξύ τούτων περιιπταμένη η ακτινοβόλος σκιά σου εις την αιωνίαν μακαριότητα, δέν ελησμόνησε τας Άθήνας, και ήδη επιφοιτώσα εις τας ομηγύρεις του Στολάρχoυ, του Αρχιστρατήγου, των Αρχηγων και των στρατιωτικών του στρατοπέδου της Αττικής, θεωρεί τα πoλεμικά και σωτηριώδη επιχειρήματά των και επικαλείται την εξ ύψους άντιληψιν, του υπέρτατου Βασιλέως δια να τους βοηθήση να σώσουν τας Αθήνας και την Ελλάδα εις δόξαν της Πίστεως και της Πατρίδος».
Ο Δημήτριος Αινιάν, ο γραμματέας του Καραϊσκάκη, στη βιογραφία «Ο Καραϊσκάκης», που κυκλοφόρησε το 1833, αναφέρει ότι ο Καραϊσκάκης πριν πεθάνει εμπιστεύτηκε στους Χατζηπέτρο και Γρίβα:
«…Λέγουν ότι εν παρόδω τρόπον τινά ανέφερε εις αυτούς ότι επληγώθη από το μέρος των Ελλήνων, ότι εγνώριζεν τον αίτιον και ότι, αν ήθελε ζήση, ήθελε τον κάμει γνωστόν και εις το στρατόπεδον».
Δ. Αινιάν, «Ο Καραϊσκάκης», σ.185.
Ακόμα και σήμερα, υπάρχει έντονη φημολογία για τις συνθήκες αλλά και τα αίτια της δολοφονίας του Καραϊσκάκη. Για να αποκρυπτογραφήσει κανείς το μυστήριο θα πρέπει αφ’ ενός να αναλύσει τις σχέσεις του Καραϊσκάκη με τους υπόλοιπους πρωταγωνιστές του Αγώνα και αφ’ ετέρου να δει τα διεθνή συμφέροντα που καθοδηγούσαν ανάλογα με τις βλέψεις και τις επιθυμίες τους την Ελληνική Επανάσταση.
Οι σχέσεις του Καραϊσκάκη με τον Μαυροκορδάτο από τον Απρίλιο του 1824 ήταν εχθρικές. Ο Μαυροκορδάτος τον είχε κατηγορήσει για «καπάκια» με τον Ομέρ Βρυώνη και μετά από μια παρωδία δίκης στον Ναό της Παναγίας στο Αιτωλικό έβγαλε «Προκήρυξη των εγκλημάτων του Καραϊσκάκη» σύμφωνα με την οποία: «….εστερήθη όλων των βαθμών και αξιωμάτων ως αμαρτήσας… Πάντες οι Έλληνες να απομακρυνθούν της συναναστροφής του και να τον στοχασθούν ως εχθρόν….». Αποχωρώντας από το Αιτωλικό ο Καραϊσκάκης του είχε απαντήσει: «Ε, ωρέ Μαυροκορδάτε, εσύ την προδοσίαν μου με την έγραψες εις το χαρτί κι εγώ ογλήγορα ελπίζω να σου τη γράψω εις το μέτωπόν σου για να φανής ποιος είσαι…..».
Παρά την αποκήρυξή του από τον Μαυροκορδάτο στο Αιτωλικό, ο Καραϊσκάκης έφτασε να διαθέτει χίλιους πεντακόσιους άνδρες που τον ακολουθούσαν πιστά και κατάφερε να γίνει ο Γενικός αρχηγός της Στερεάς Ελλάδας. Κύρια επιδίωξή του ήταν η απελευθέρωση της Ρούμελης. Κάτι τέτοιο δεν ήταν όμως στις επιδιώξεις του διεθνούς και ουσιαστικά του αγγλικού παράγοντα. Ο George Canning, κατά τον Καρολίδη, απαντώντας για το μέλλον της Ελληνικής Επανάστασης ανέφερε ότι σκοπός της αγγλικής διπλωματίας είναι η συγκρότηση αυτονόμου κράτους που θα το αποτελούσαν μόνον η Πελοπόννησος και οι Κυκλάδες. Ανάλογη είναι και η αναφορά για το ίδιο θέμα του αγωνιστή Σπυρομήλιου, που συμμετείχε σε πολλές επιχειρήσεις υπό τον Καραϊσκάκη και από τον Μάρτιο του 1827 συμμετείχε ως «πληρεξούσιος των Αρμάτων» στην Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας:
«… Αλλά κατά δυστυχίαν μεταξύ εις τα διάφορα κόμματα εκείνης της περιόδου ήτον και εν το οποίον επεθύμει την πτώσιν του Μεσολογγίου και όλης της Στερεάς Ελλάδος, ώστε να δυνηθή ευκόλως ν’ αποκατασταθή η Πελοπόννησος εν πριγκιπάτον ως τα της Μολδοβλαχίας, και επομένως ο κομματάρχης πρίγκηψ». (σημ. Εδώ ο Σπυρομήλιος εννοεί τον Μαυροκορδάτο).
Και αφού ήταν σαφής η πρόθεση των Άγγλων και του Μαυροκορδάτου για μια τέτοια εξέλιξη, το Μεσολόγγι αφέθηκε χωρίς ουσιαστική βοήθεια. Ο Καραϊσκάκης αποτελούσε παραφωνία και ήταν εμπόδιο στα σχέδια των Άγγλων και του Μαυροκορδάτου. Ο Δημήτριος Φωτιάδης αναφέρει:
«… Ο Καραϊσκάκης έπεσε θύμα της εγγλέζικης πολιτικής στην Ελλάδα κι εμπνευστές της σατανικής δολοφονίας του στάθηκαν ο Κόχραν, ο Τσόρτς και ο Μαυροκορδάτος…».
Για τη δολοφονία του Καραϊσκάκη έχει καταγραφεί σε χειρόγραφο του αυτόπτη Ιωάννη Σταυριανού η πληροφορία:
«… Τότε είδωμεν εκπυρσοκρότησιν όπλου από τον ημέτερον στρατόν. Και ευθύς ο πυροβολήσας ανεμείχθη εις τον στρατόν. Αυτός ήτον ο επικατάρατος δολοφόνος του Καραΐσκου…».
Ιωάννου Σταυριανού, Πραγματεία των Περιπετειών του βίου μου. Εισαγωγή - Έκθεση – Σχόλια Ελένης Αγγελομάτη-Τσουγκαράκη, Εταιρεία Στερεοελλαδικών Μελετών, Αθήνα 1982.
Δεν υπάρχει αμφιβολία ότι καθοριστικός παράγοντας για την καταστροφή στο Φάληρο ήταν ο θανάσιμος τραυματισμός του Καραϊσκάκη. Τον θάνατό του ακολούθησε μια ανεξήγητη βιασύνη, χωρίς να ληφθεί υπ’ όψη το σχέδιό του για έντεκα ταμπούρια από το Δέλτα μέχρι τον σημερινό Άγιο Σώστη. Στη διοίκηση του ελληνικού στρατοπέδου του Πειραιά τον διαδέχθηκε ο Κίτσος Τζαβέλας. Η επίθεση για την Ακρόπολη έγινε στις 24 Απριλίου, την επόμενη ημέρα από το θάνατο του Καραϊσκάκη, χωρίς κανένα συντονισμό και με τους ξένους αρχηγούς να παρακολουθούν με κιάλια από τα πλοία τους.
Στον Ανάλατο και στα ταμπούρια μέχρι τη θάλασσα, στην ίσως πιο πολύνεκρη μάχη του αγώνα για τους Έλληνες, χάθηκαν περισσότεροι από οκτακόσιοι άνδρες. Ανάμεσά τους ο Δράκος, ο Βέικος, ο Αθανάσιος (Τούσιας) Μπότσαρης, ο Κίτσος Τζαβέλας, ο Συμεών Ζαχαρίτσας, ο Γιώργος Τζαβέλας, ο Ιωάννης Νοταράς, ο Τσελεπής Αιγινήτης οι Γάλλοι φιλέλληνες Le Febvre και Ακόμα και στην οπισθοχώρηση πνίγηκαν στη θάλασσα περισσότεροι από εκατόν πενήντα. Επίσης, οι περίπου εκατόν πενήντα αιχμάλωτοι της μάχης του Ανάλατου, με διαταγή του Κιουταχή, καρατομήθηκαν και τα δέρματα του κεφαλιού τους στάλθηκαν ως τρόπαια στην Κωνσταντινούπολη. Από τους αιχμαλώτους σώθηκε μόνον ένας, ο αρχηγός των Κρητικών πολεμιστών Δημήτριος Καλλέργης που αφέθηκε ελεύθερος αφού η οικογένειά του πλήρωσε λύτρα 4.000 ισπανικά τάληρα (δίστηλα ή κολονάτα). Ταυτόχρονα χάθηκαν πολλά πολεμοφόδια και όλα τα πυροβόλα των ταμπουριών. Η αποτυχία του Κόχραν ήταν τεράστια. Το ίδιο βράδυ όλο το ελληνικό στρατόπεδο μπήκε στα πλοία και αποχώρησε για τη Σαλαμίνα. Αυτή η αποχώρηση από τον Πειραιά έσπειρε την απελπισία στους πολιορκημένους. Τελικά, στις 26 Μαΐου 1827, μετά από συνθήκη και τις εγγυήσεις της Αγγλίας, της Γαλλίας και της Αυστρίας ο Φαβιέρος παρέδωσε την Ακρόπολη με τον οπλισμό και τα εφόδια στον Κιουταχή, παρουσία του Γάλλου ναυάρχου Ανρί Δεριγνύ (Marie Henri Daniel Gauthier, comte de Rigny).
Ο Κιουταχής κράτησε τη συμφωνία και οι πολιορκημένοι μπήκαν στα πλοία και έφθασαν κι αυτοί στη Σαλαμίνα. Ο Τούρκος στρατηγός, αφού εγκατέστησε φρουρές στην Ακρόπολη και τον Πειραιά, αναχώρησε για τη Θήβα όπου και εγκατέστησε στρατόπεδο.
Στην ουσία η απώλεια του Καραϊσκάκη και η έλλειψη ικανού αντικαταστάτη του ήταν αυτές που έκριναν τον αγώνα στη Στερεά Ελλάδα και μαζί με τα καταστροφικά σχέδια των Τσωρτς και Κόχραν απλά σφράγισαν την ήττα. Λόγω της συνδυασμένης δράσης του Κιουταχή στην Στερεά Ελλάδα και του Ιμπραήμ στην Πελοπόννησο η ελληνική επαναστατική επικράτεια είχε συρρικνωθεί στην Αργολίδα και τα μικρά νησιά μεταξύ Αττικής και Αργολίδας.
Απόντος του Καραϊσκάκη, το σχέδιο των Άγγλων για τη συγκρότηση αυτονόμου ελληνικού κρατιδίου που θα το αποτελούσαν μόνον η Πελοπόννησος και οι Κυκλάδες ήταν πια, πιο κοντά στην πραγματοποίησή του.
