Αυτό που παρέλαβε μπορεί όμως να αποδοθεί μόνο με τη λέξη χάος. Ο διορισμένος από την Αντικυβερνητική Επιτροπή τον Μάιο 1827, Γραμματέας των Εσωτερικών και της Αστυνομίας Αναστάσιος Λόντος στην αναφορά του προς τον Κυβερνήτη περιγράφει τη ζοφερή κατάσταση:
«Εις την Ελλάδα δεν υπάρχουσιν ούτε εμπόριον, ούτε τέχναι, ούτε βιομηχανία, ούτε γεωργία. Οι χωρικοί δεν σπείρουσι πλέον, διότι δεν έχουσι πεποίθησιν ότι θέλουσι θερίσει, και αν θερίσωσι, δεν ελπίζουσι να φυλάξωσι τους καρπούς των από τον στρατιώτην. Ο έμπορος δεν είναι ασφαλής εις τάς πόλεις τρέμει δ' από τον φόβον των πειρατών, οι οποίοι έχουσιν ανοικτά τα όμματα και περιμένουσι τα πλοία εις την διάβασίν των να τα προσβάλωσιν. Η δολοφονία καλύπτει την κλοπήν με την μυστικότητα, ο τεχνίτης δεν είναι βέβαιος ότι θα πληρωθή διά την εργασίαν του. Το δικαίωμα του ισχυροτέρου είναι το μόνον όπου υπάρχει πραγματικώς. Οι κοινωνικοί δεσμοί παρελύθησαν. Ο πολίτης δεν απολαύει του νόμου την υπεράσπισιν. Μόνη του λαού η ακένωτος μακροθυμία εμπόδισε τού να φθάσωσι τα πράγματα εις φρικωδεστέραν κατάστασιν».
Ἀπομνημονευματα συνταχθέντα υπό Νικολάου Σπηλιάδου δια να χρησιμευσωσιν εἰς την νεαν ἱστοριαν της Ἑλλαδος ... σελ. 552.
Ακόμα πιο γλαφυρά περιγράφει την κατάσταση ο Γερμανός φιλέλληνας και φιλόλογος Ειρηναίαος Θείρσιος (Friedrich Thiersch):
«Η χώρα, όση είχε απελευθερωθεί ως εκείνη τη στιγμή, έμοιαζε μ' ένα σωρό ερείπια που καπνίζουν ύστερα από μια καταστρεπτική πυρκαϊά. Στη στεριά επικρατούσε το δίκαιο της αρπακτικότητας του τοπάρχη κοτζάμπαση και στη θάλασσα η πειρατεία. Ο Μοριάς ήταν ρημαδιό. Κάθε μεγαλοκαπετάνιος που κρατούσε ένα κάστρο (Μονεμβασιά ο Πετρόμπεης, Ακροκόρινθο ο Κίτσος Τζαβέλλας, Παλαμήδι οι Γρίβας και Στράτος) τυραννούσε σαν κατακτητής τον γυμνό και άστεγο πληθυσμό. Παραγωγή δεν υπήρχε, ούτε χέρια να επιδοθούν στην καλλιέργεια της γης, λόγω της ανασφάλειας. Ο πληθυσμός είχε καταφύγει στα βουνά και τις σπηλιές. Εικοσιπέντε χιλιάδες μαχητές περιπλανιόνταν χωρίς καμμιά μισθοτροφοδοσία ή ενίσχυση, ενώ οι μοναδικές δημόσιες πρόσοδοι (δεκάτη και τελωνειακές εισπράξεις του Αναπλιού) δεν λειτουργούσαν. Κράτος, δηλαδή, και στην πιο υποτυπώδη του έννοια δεν υπήρχε».
Αλλά δεν μπορεί κανείς να περιγράψει καλύτερα την κατάσταση από τον ίδιο τον Κυβερνήτη που φθάνοντας στην Αίγινα περιγράφει:
«...Είδα πολλά εις την ζωήν μου, αλλά σαν το θέαμα όταν έφθασα εδώ εις την Αίγινα, δεν είδα τι παρόμοιο ποτέ, και άλλος να μην το ειδεί…
...(Ζήτω ο Κυβερνήτης, ο σωτήρας μας, ο ελευθερωτής μας), εφώναζαν γυναίκες αναμαλλιάρες, άνδρες με λαβωματιές πολέμου, ορφανά γδυτά, κατεβασμένα από τες σπηλιές. Δεν ήταν το συναπάντημα μου φωνή χαράς, αλλά θρήνος: Η γη εβρέχετο από δάκρυα εβρέχετο η μερτιά και η δάφνη του στολισμένου δρόμου από το γιαλό εις την Εκκλησία. Ανατρίχιαζα, μου έτρεμαν τα γόνατα, η φωνή του λαού έσχιζε την καρδιά μου. Μαυροφορεμένες, γέροντες, μου εζητούσαν να αναστήσω τους αποθαμένους τους, μανάδες μου έδειχναν εις το βυζί τα παιδιά τους, και μου έλεγαν να τα ζήσω και ότι δεν τους απέμειναν παρά εκείνα και εγώ. Και με δίκαιο μου εζητούσαν όλα αυτά, διότι εγώ ήλθα και εσείς με προσκαλέσατε να οικοδομήσω, να θεμελιώσω ....
…Από Καλαμάτας μέχρι Ναυπλίου, ούτε χωρίον υπάρχει εν, ούτε κώμη, ούτε πόλις, με στέγασμα το παραμικρόν. Εκτεταμένοι αμπελώνες αποκεχερσωμένοι, κοιλάδες πολύωροι, άλλοτε μεν σιτοπληθείς, σήμερον δε άφοροι και καταλελιμνασμέναι υπό της πλημμύρας των ποταμών, χιλιάδες οικογενειών αναζητούσιν τας εαυτών εστίας ανά μέσον των ερήμων και των συντριμμάτων..».
Τα αποσπάσματα προέρχονται από τον ιστότοπο: kapodistrias.info/ellada
Παρά τη ζοφερή κατάσταση ο Καποδίστριας, ορκίστηκε στις 26 Ιανουαρίου 1828 με όρκο που συνέταξε ο ίδιος:
«Εν ονόματι της αγιωτάτης και αδιαιρέτου Τριάδος ορκίζομαι να εκπληρώσω κατά τας οποίας αι πράξεις της Επιδαύρου, του Άστρους και της Τροιζήνος έθεσαν βάσεις τα εμπιστευθέντα μοι χρέη παρά του έθνους. Ορκίζομαι να τα εκπληρώσω μέχρι συγκαλέσεως της εθνικής συνελεύσεως κατά τους κανόνας διά της καταστάσεως της προσωρινής κυβερνήσεως ορισθέντας μόνον σκοπόν έχων να πράξω την πρόοδον της εθνικής και πολιτικής ανακαινίσεως της Ελλάδος, ώστε να δυνηθή όσον τάχιστα ν' απολαύση των πνευματικών ωφελειών, τας οποίας η εν Λονδίνω συνθήκη της 24 Ιουνίου 1827 τη επαγγέλλεται. Καθίστημι εμαυτόν υπεύθυνον δι' όλας τας πράξεις της διοικήσεώς μου και εγγυώμαι να υποβάλω αυτάς εις την κύρωσιν της εθνικής συνελεύσεως, ήτις θέλει συνέλθει τον Απρίλιον μήνα»
Μαζί με τον Κυβερνήτη ορκίστηκαν τα είκοσι επτά μέλη του Πανελληνίου και ο γραμματέας της Επικρατείας. Η εκλογή των μελών του διοικητικού οργάνου έγινε από τον Καποδίστρια από λίστες επιφανών ατόμων, που του υποβλήθηκαν από όλες τις περιοχές. Τα μέλη του Πανελληνίου χωρίστηκαν σε τρεις εννεαμελείς Επιτροπές για την οικονομία, τις εσωτερικές υποθέσεις και τον πόλεμο. Γραμματέας της Επικρατείας, προϊστάμενος των Επιτροπών ορίστηκε ο Σπυρίδων Τρικούπης από το Μεσολόγγι. Ο Τρικούπης, παρά τις σοβαρές του επιφυλάξεις, αποδέχθηκε τον διορισμό του ως «Πρωθυπουργού».
Ο Καποδίστριας πίστευε ότι το Έθνος θα έπρεπε να διοικηθεί με τον πιο αποδοτικό και διπλωματικό τρόπο αφού άλλωστε είχε κληθεί από την Γ΄ Εθνοσυνέλευση για να υπερασπίσει και να διατηρήσει με όλες του τις δυνάμεις την ανεξαρτησία του. Όμως στην ορκωμοσία του ήταν αδύνατον να ορκισθεί για κάτι τέτοιο αφού η Συνθήκη του Λονδίνου του 1827 απέκλειε την ανεξαρτησία του ελληνικού έθνους και προέβλεπε μόνο τη δημιουργία του ελληνικού κράτους που θα πλήρωνε φόρο υποτελείας στον σουλτάνο. Ο Καποδίστριας ήταν αναγκασμένος, τουλάχιστον σε μία πρώτη φάση, να παραμερίσει το Σύνταγμα, χωρίς όμως να απαρνηθεί τις βασικές ιδεολογικές αξίες του. Κύριο χαρακτηριστικό του ήταν η πίστη του στην αναγέννηση του Έθνους. Κι αυτό θα μπορούσε να πραγματοποιηθεί
μόνο αν παρέμενε προσηλωμένο στις ελληνικές και τις χριστιανικές αξίες. Στις επαφές του με ξένους υπογράμμιζε αυτά τα χαρακτηριστικά του Γένους:
«Το Ελληνικόν Έθνος σύγκειται από των ανθρώπων, οίτινες από της Αλώσεως της Κωνσταντινουπόλεως δεν έπαυσαν ομολογούν τες την Ορθόδοξον Πίστην και την γλώσσαν των Πατέρων αυτών λαλούντες».
Η σύγκληση της Εθνοσυνέλευσης αρχικά προσδιορίστηκε για τον Απρίλιο 1828. Επειδή όμως η κατάσταση ήταν ακόμα ρευστή, ο προσδιορισμός της ημερομηνίας έπαιρνε επαναλαμβανόμενες αναβολές για δεκαοκτώ μήνες.
Όμως και η οικονομική κατάσταση ήταν τραγική. Ο Γραμματέας των οικονομικών της Αντικυβερνητικής Επιτροπής Παναγιώτης Λιδωρίκης, παραδίδοντας στον Κυβερνήτη τον πληροφορούσε:
«Εξοχώτατε, όχι μόνον χρήματα δεν υπάρχουσιν εν τω ταμείω, αλλ' ούτε ταμείον υπάρχει διότι δεν υπήρξε ποτέ».
Πριν ακόμα φτάσει στην Ελλάδα, τον Αύγουστο 1827, ο Καποδίστριας αναζήτησε στις πρωτεύουσες των τριών Μεγάλων Δυνάμεων τακτική οικονομική βοήθεια ή δάνειο ενός εκατομμυρίου λιρών εγγυημένο από τις τρεις Δυνάμεις αφού ο εξωτερικός δανεισμός ήταν ζωτικής σημασίας για την ίδρυση του Ελληνικού Κράτους. Τα χρέη από τα δάνεια είχαν φτάσει στα δύο εκατομμύρια λίρες και η λύση για την οικονομία, αφού δεν υπήρχε νέο δάνειο από τις τρεις Δυνάμεις, ήταν ο δημόσιος εσωτερικός δανεισμός. Η ίδρυση της Εθνικής Χρηματιστηριακής Τράπεζας (σημερινή Εθνική Τράπεζα) ήταν ένας τρόπος για να συμβάλουν στην εθνική οικονομία οι εύποροι Έλληνες με έντοκες ομολογίες, προς 8%. Για την διευκόλυνση των συναλλαγών με ελληνικά νομίσματα, ο Καποδίστριας ίδρυσε το Εθνικό Νομισματοκοπείο και καθιέρωσε τον Φοίνικα ως εθνική νομισματική μονάδα που υποδιαιρείται σε εκατό λεπτά.
Αναμένοντας τις διεθνείς εξελίξεις και αποφάσεις για τα σύνορα του νέου κράτους, οι κύριοι στόχοι του ήταν η πάταξη των καταχρήσεων του δημοσίου χρήματος, η προστασία των εθνικών γαιών και η αύξηση των δημοσίων εσόδων. Η δημοσιονομική πολιτική του είχε όμως και αρκετούς αντιπάλους. Οι πρόκριτοι ή «αριστοκρατικοί» και οι μεγάλοι γαιοκτήμονες ήταν επικεφαλής ή μέλη των προηγούμενων κυβερνήσεων και φυσικά η νέα οικονομική διαχείριση περιόριζε τις ευκαιρίες περαιτέρω πλουτισμού και ελέγχου της εξουσίας. Ο Σπυρίδων Τρικούπης περιγράφει τις απόψεις του Καποδίστρια για τους ομοεθνείς του κατηγορώντας τον για έπαρση και κομπορρημοσύνη: Οι κοτζαμπάσηδες ήταν Τούρκοι με χριστιανικά ονόματα, οι οπλαρχηγοί ήταν ληστές, οι φαναριώτες «αγγειά» του σατανά και οι λόγιοι μωροί. Μόνον οι χωρικοί και οι τεχνίτες ήταν αξιαγάπητοι και άξιζαν την προστασία της κυβέρνησής του. Ο φιλέλληνας διανοούμενος διπλωμάτης Αλέξανδρος Στούρτζας, γραμματέας του Καποδίστρια, γράφει στη «Βιογραφική Αφήγησιν του Ι. Α. Καποδίστρια»:
«… Τρεις όμως φατρίαι, υπό των ξένων αναρριπιζόμεναι, αντεστάτουν εις την υψηλήν επιχείρησιν και εις την δημοτικότητα του Καποδίστρια· η των προκρίτων (κοτζαμπασίδων), οίτινες συστήσαντες υπό τους Τούρκους ολιγαρχίαν καταπιεστικήν του λαού, έτεινον εις κομματιασμόν της Ελλάδος, και κακώς έβλεπον την κατασκευήν κεντρικής κυβερνήσεως· η φατρία των ημισόφων και των λογιωτάτων, σπουδαστών της Ευρώπης· και η των ολίγων φαναριωτών όσοι διέφυγον της Κωνσταντινουπόλεως τας σφαγάς· αυτοί δε δια τα προηγούμενά των ηξίουν να έχωσι και αυτόνομον προνόμιον να εκδουλεύωσι το έθνος προς όφελός των….».
Επιστολαί Ι. Α. Καποδίστρια…. Αθήνησιν 1841. Τομ. 1, σελ. 61.
Κύριο μέλημα της κυβέρνησης ήταν οι ενέργειες για την εφαρμογή της Συνθήκης του Λονδίνου της 6ης Ιουλίου 1827. Το διεθνές κύρος του Καποδίστρια και οι ικανότητές του στο διπλωματικό πεδίο εξασφάλιζαν την επιτυχία. Μέχρι τον ερχομό του, η Συνθήκη κινδύνευε να εγκαταλειφθεί ή να μείνει ανεφάρμοστη από τις Μεγάλες Δυνάμεις. Η φωνή του Καποδίστρια όμως κατάφερε να επαναφέρει το Ελληνικό ζήτημα στο διεθνές προσκήνιο και να εξουδετερώσει κάθε δυσμενή απόφαση, κυρίως από την Αγγλία που, μετά τον θάνατο του George Canning, ακολουθούσε πιο επιφυλακτική στάση απέναντι στους Έλληνες.
Η αγγλική κυβέρνηση του δούκα του Wellington αντιδρούσε στις ευνοϊκές προτάσεις για το Ελληνικό ζήτημα που διατυπώνονταν από τη Ρωσία στο πλαίσιο της εφαρμογής της Συνθήκης του Λονδίνου. Η Ρωσία επέμενε να επιδοθεί τελεσίγραφο στην Πύλη για την επίλυση του Ελληνικού ζητήματος εντός δύο μηνών. Αν αυτό δεν γινόταν δεκτό, τότε η Ρωσία, με τη σύμφωνη γνώμη των άλλων δύο Δυνάμεων, θα επέμβαινε στρατιωτικά στην Τουρκία μέχρι αυτή να αποδεχθεί τη Συνθήκη του Λονδίνου. Ταυτόχρονα οι άλλες δύο Δυνάμεις με τους στόλους τους θα απέκλειαν την Αλεξάνδρεια, θα βομβάρδιζαν τις θέσεις του Ιμπραήμ στην Πελοπόννησο και θα έφταναν στον αποκλεισμό και της Κωνσταντινούπολης. Η Αγγλία φυσικά απέρριψε την ρωσική πρόταση.
Η Γαλλία δεν δέχθηκε τις αγγλικές προτάσεις για διμερή, χωρίς τη Ρωσία, εφαρμογή της Συνθήκης του Λονδίνου και αντιπρότεινε να περιληφθούν στα όρια της Ελλάδας η Αττική και η Εύβοια καθώς και να δοθεί στην Ελλάδα το ένα εκατομμύριο λίρες που είχε ζητήσει για βοήθεια ο Καποδίστριας στις 31 Αυγούστου 1827. Επίσης οι Γάλλοι πρότειναν νέα σύσκεψη των πρέσβεων των Δυνάμεων που είχαν αποχωρήσει από την Κωνσταντινούπολη, αυτή τη φορά στην Κέρκυρα και ταυτόχρονα την αποστολή στην Πελοπόννησο στρατιωτικών δυνάμεων, αποτελούμενων από έξι χιλιάδες άνδρες η κάθε μία, τόσο από τη Γαλλία όσο και από την Αγγλία.
Η Αγγλία, με έγγραφο της 9ης Μαΐου 1828 του υπουργού εξωτερικών κόμη Dudley προς τον Γάλλο ομόλογό του πρίγκιπα Polignac, απέρριψε τις γαλλικές προτάσεις τόσο για την αποστολή κοινού εκστρατευτικού σώματος όσο και για την οικονομική βοήθεια στην Ελλάδα. Αντίθετα η στάση της Ρωσίας εξακολουθούσε να είναι έντονη με κύριο στόχο την επιβολή της Συνθήκης του Λονδίνου με δυναμικά μέσα. Τον Δεκέμβριο 1827, ο σουλτάνος είχε κάνει το λάθος να εκδώσει προκήρυξη προς τους διοικητές της οθωμανικής αυτοκρατορίας στην οποία ανέφερε ότι η Ρωσία είναι άσπονδος εχθρός των Μουσουλμάνων και ότι αυτή είχε υποκινήσει τους Έλληνες σε επανάσταση. Επίσης η προκήρυξη ανέφερε ότι μαζί με την Αγγλία και τη Γαλλία, η Ρωσία επιδίωκε την ανεξαρτησία της Ελλάδας.
Στις 12 Μαρτίου 1828 η Ρωσία ανήγγειλε την απόφασή της για την κήρυξη πολέμου εναντίον της Τουρκίας. Αυτή η εξέλιξη περιόριζε τις επιδιώξεις της Αγγλίας που υποχρεώθηκε να ανανεώσει την πίστη της στη Συνθήκη του Λονδίνου. Στις 26 Απριλίου κηρύχθηκε επίσημα ο Ρώσο-τουρκικός πόλεμος.
Σε μια προσπάθεια της Τουρκίας να διασπάσει την ενότητα των τριών Μεγάλων Δυνάμεων, ο υπουργός των εξωτερικών της υψηλής Πύλης Pertev Mehmed Said Paşa Efendi ζήτησε μεμονωμένα την επιστροφή των πρεσβευτών αρχικά της Γαλλίας, στρατηγού κόμη Armand Charles Guilleminot και κατόπιν και της Αγγλίας, Stratford Canning, στην Κωνσταντινούπολη. Η προσπάθεια δεν είχε αποτέλεσμα ούτε ακόμη και όταν, στις 6 Ιουλίου 1828, ο Τούρκος υπουργός εξωτερικών απευθύνθηκε στον Wellington. Ο Άγγλος πρωθυπουργός του απάντησε ότι βασική προϋπόθεση επαναπροσέγγισης για το Ελληνικό ζήτημα, ήταν η αποδοχή από την Τουρκία των όρων της Συνθήκης του Λονδίνου.
Επακόλουθο του Ρώσο-τουρκικού πολέμου ήταν η αποστολή του γαλλικού εκστρατευτικού σώματος στην Πελοπόννησο μετά και από αίτημα του Καποδίστρια στις 24 Ιουνίου 1828, για την αποστολή κάποιων «συμμαχικών ταγμάτων».
