Στον Μεσαίωνα, η εξέλιξη της τέχνης και των επαγγελμάτων αλλά και της επιστημονικής γνώσης κατά κλάδο στη δυτική Ευρώπη, γέννησε την ανάγκη της ίδρυσης σχολών που όλες μαζί συγκροτούσαν ένα πανεπιστήμιο. Τα πανεπιστήμια, με τη διεπιστημονική επικοινωνία τους προώθησαν την έρευνα και όξυναν την ικανότητα στις αποφάσεις. Έγιναν οι χώροι που ενθάρρυναν την έρευνα και τη μελέτη του σύμπαντος σε καθεστώς ελευθερίας και ανεξαρτησίας. Η διασύνδεση των πανεπιστημίων απαιτούσε όμως μια κοινή γλώσσα, που ήταν η Λατινική. Έτσι κατάφεραν να ενοποιήσουν την επιστημονική σκέψη, χωρίς διαχωρισμούς και σύνορα. Η παραγόμενη γνώση ανήκε σε όλους και τα πτυχία που απονέμονταν ήταν αποδεκτά παντού. Εδραιώθηκε μια οικουμενικότητα των σπουδών και της γνώσης ενώ ταυτόχρονα υπήρχε μεγάλη κινητικότητα μελετητών και δασκάλων.
Τα πρώτα πανεπιστήμια, ιδρύθηκαν τον 11ο και 12ο αιώνα ως ανάγκη της συγκέντρωσης σε έναν τόπο, των καθηγητών και των σπουδαστών. Αυτά ήταν, τα πανεπιστήμιο του Παρισιού, της Μπολόνια και της Οξφόρδης. Για τη λειτουργία τους τα πανεπιστήμια ακολούθησαν διαφορετικά μοντέλα. Στο Παρίσι το πανεπιστήμιο εποπτευόταν από ένα συμβούλιο καθηγητών που όριζαν τα προγράμματα σπουδών ενώ στη Μπολόνια οι σπουδαστές επέλεγαν τους καθηγητές τους και τους στήριζαν οικονομικά. Στη συνέχεια, τον 13ο αιώνα, ιδρύθηκαν πολλά άλλα πανεπιστήμια αφού οι απόφοιτοι των πρώτων επέστρεφαν στους τόπους τους και δημιουργούσαν εκεί νέα αυτόνομα ιδρύματα. Σε άλλες περιπτώσεις, σπουδαστές και καθηγητές αποχωρούσαν από το πανεπιστήμιό τους, και ίδρυαν ένα άλλο σε έναν νέο τόπο. Αυτές ήταν οι περιπτώσεις του Κέιμπριτζ που δημιουργήθηκε από αποχωρήσαντες ακαδημαϊκούς της Οξφόρδης, της Ορλεάνης από καθηγητές και σπουδαστές από το Παρίσι καθώς και της Φλωρεντίας που οι ιδρυτές του εκεί πανεπιστημίου προέρχονταν από την Μπολόνια. Φυσικά από αυτό το νέο κίνημα της επιστημονικής γνώσης δεν μπορούσαν να απουσιάζουν οι τοπικές κυβερνήσεις καθώς και η εκκλησία. Τέτοια παραδείγματα είναι τα πανεπιστήμια της Νάπολης και της Σαλαμάνκα αντίστοιχα.
Στην Ελλάδα η εξελίξεις άργησαν να φτάσουν. Η σκλαβιά δεν επέτρεπε την ανάπτυξη εκεί επιστημονικής κοινότητας. Μετά την Επανάσταση και τη δημιουργία του ελληνικού κρατιδίου, η κύρια επιδίωξη του Καποδίστρια ήταν να καταπαύσει τις εμφύλιες διαμάχες και να δημιουργήσει το πρώτο Ελληνικό Κράτος από το μηδέν. Έπρεπε όμως να «περάσει» τα μέτρα που είχε πάρει, όπως είχε άλλωστε υποσχεθεί, από Εθνοσυνέλευση. Η Δ' Εθνοσυνέλευση έγινε στο Άργος από τις 11 Ιουλίου έως τις 6 Αυγούστου 1829. Σε αυτήν εγκρίθηκε η πολιτική του Ιωάννη Καποδίστρια, νομιμοποιήθηκε το «Πανελλήνιο» αφού συστάθηκε Γερουσία με 27 γερουσιαστές που το αντικατέστησε και σε δεκατρία ψηφίσματα εγκρίθηκαν όλες οι σημαντικές αποφάσεις σχετικά με τη λειτουργία του νεοσύστατου Ελληνικού Κράτους σύμφωνα με τις αποφάσεις του Κυβερνήτη. Εκτός από την ίδρυση, της Εθνικής Χρηματιστικής Τράπεζας (σημ. Εθνική Τράπεζα), την ίδρυση του Εθνικού Νομισματοκοπείου και την καθιέρωση του φοίνικα στις 28 Ιουλίου 1828, ως εθνικής νομισματικής μονάδας, στις 24 Σεπτεμβρίου του ίδιου χρόνου ίδρυσε και την ταχυδρομική υπηρεσία. Η Εθνοσυνέλευση ψήφισε ειδικό νόμο για την απαγόρευση εξαγωγής αρχαιοτήτων από την Ελλάδα. Και η ιδέα για την ίδρυση του Πανεπιστημίου Αθηνών ανήκε στον Ιωάννη Καποδίστρια. Η δολοφονία του όμως δεν επέτρεψε την ολοκλήρωση του σχεδίου του.
Το πανεπιστήμιο Αθηνών ιδρύθηκε λίγο αργότερα ως «Οθώνειον Πανεπιστήμιον» με βασιλικό διάταγμα της 14ης Απριλίου 1837 και στεγάστηκε στην κατοικία του αρχιτέκτονα Σταμάτη Κλεάνθη, στην οδό Θόλου 5, στην Πλάκα. Αυτό ήταν το πρώτο Πανεπιστήμιο, όχι μόνο του νεοσύστατου Ελληνικού Κράτους, αλλά και της Ανατολικής Μεσογείου. Αρχικά είχε τέσσερις σχολές: της Θεολογίας, της Νομικής, της Ιατρικής και των Τεχνών. Στη συνέχεια προστέθηκαν σε αυτό κι άλλες και μετονομάστηκε σε Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιον Αθηνών.